СЕКТОР ЗА ВНАТРЕШНА РЕВИЗИЈА - НЕЗАВИСНА ЕДИНИЦА
- Одделение за ревизија на регуларност, ИТ ревизија и ревизија на системите за внатрешна контрола
- Одделение за финансиска ревизија и ревизија на успешноста во работењето
- Одделение за ревизија на ИПА структурата и други странски фондови
СЕКТОР ЗА ФИНАНСИСКИ ПРАШАЊА
- Одделение за буџетска координација
- Одделение за буџетска контрола
- Одделение за сметководство и плаќања
- Одделение за јавни набавки
ОДДЕЛЕНИЕ ЗА СТРАТЕШКО ПЛАНИРАЊЕ
СЕКТОР ЗА ПРЕКРШОЦИ
- Одделение за прекршочна постапка
- Одделение за следење и извршување на прекршоците
СЕКТОР ЗА НОРМАТИВНО ПРАВНИ РАБОТИ
- Одделение за нормативно-правни работи
- Одделение за управни постапки
СЕКТОР ЗА ЧОВЕЧКИ РЕСУРСИ
- Одделение за развој на човечки ресурси
- Одделение за кадрови работи и персонална евиденција
СЕКТОР ЗА АНАЛИЗА НА ЗЕМЈОДЕЛСКА ПОЛИТИКА
- Одделение за анализа на земјоделска политика Превземи извештај
- Одделение за единствен регистар на земјоделски стопанства
- Одделение за следење на пазари на земјоделско прехрамбени производи
- Одделение за сметководствени податоци од земјоделски стопанства
СЕКТОР ЗА КООРДИНАЦИЈА И ТЕХНИЧКА ПОМОШ НА КАБИНЕТ НА МИНИСТЕР
- Одделение - кабинет на министерот
- Одделение за односи со јавност
СЕКТОР ЗА МЕЃУНАРОДНА СОРАБОТКА
- Одделение за соработка со мултилатерални донатори
- Одделение за трговска политика
- Одделение за соработка со билателарни донатори
СЕКТОР ЗА ЕУ
- Одделение за преговори и ЕУ интеграција
- Одделение за програмирање, реализација, следење и проценка на ИПА помошта
- Одделение за ЕУ база
СЕКТОР ЗА ЛОЗАРСТВО, ВИНАРСТВО И ОВОШТАРСТВО
- Одделение за лозарство и лозов катастар
- Одделение за винарство
- Одделение за овоштарство
СЕКТОР ЗА ЗЕМЈОДЕЛСТВО
- Одделение за поледелство
- Одделение за органско производство
- Одделение за градинарство
- Одделение за сточарство
- Одделение за рибарство и аквакултура
СЕКТОР ЗА МАРКЕТИНГ И КВАЛИТЕТ НА ЗЕМЈОДЕЛСКИ ПРОИЗВОДИ
- Одделение за стандарди и квалитет на земјоделски производи
- Одделение за маркетинг на земјоделски производи
- Одделение за економско здружување на земјоделски производители
СЕКТОР ЗА ШУМАРСТВО И ЛОВСТВО
- Одделение за уредување и користење на шумите
- Одделение за одгледување на шумите и пошумување
- Одделение за заштита на шумите од биотски и абиотски фактори
- Одделение за ловство, уредување на ловишта и давање дивеч на користење - концесија
СЕКТОР ЗА РУРАЛЕН РАЗВОЈ
- Одделение за одржлив рурален развој
- Одделение за наука, истражување и советодавни услуги
- Одделение за политика на кредитирање во рурални средини и земјоделскиот сектор
- Одделение за поддршка на подрачја со ограничени можности за земјоделско производство
- Одделение за програмирање и проценка на ИПАРД фондовите
- Одделение за следење на спроведувањето на ИПАРД фондовите и известување
- Одделение за спроведување на техничка помош на ИПАРД фондови
СЕКТОР ЗА ИНФОРМАТИЧКА ТЕХНОЛОГИЈА
- Одделение за општа информатичка инфраструктура и безбедност на информатичкиот систем
- Одделение за развој на информатички систем
СЕКТОР ЗА КООРДИНАЦИЈА НА ПОДРАЧНИ ЕДИНИЦИ
- Одделенија во подрачните единици
- Оделение за организација, координација и анализа на подрачните единици
СЕКТОР ЗА РЕГИСТРИРАЊЕ И УПРАВУВАЊЕ СО ЗЕМЈОДЕЛСКО ЗЕМЈИШТЕ
- Одделение за регистрирање на земјоделско земјиште
- Одделение за управување со земјоделско земјиште
- Одделение за унапредување на земјоделско земјиште
СЕКТОР ЗА ШУМСКА ПОЛИЦИЈА
- Одделение за стручно административни работи
- Одделение за внатрешна контрола
- Одделенија во подрачните единици (шумско полициски станици)
СЕКТОР ЗА КОНСОЛИДАЦИЈА НА ЗЕМЈОДЕЛСКО ЗЕМЈИШТЕ, РАЗМЕНА И ИНДЕНТИФИКАЦИЈА НА ЗЕМЈИШНИ ПАРЦЕЛИ
- Одделение за консолидација на земјоделско земјиште
- Одделение за размена на земјоделско земјиште
- Одделение за идентификација на земјишни парцели - СИЗП
- Одделение за земјишна банка