- Одделение за ревизија на регуларност, ИТ ревизија и ревизија на системите за внатрешна контрола

- Одделение за финансиска ревизија и ревизија на успешноста во работењето

- Одделение за ревизија на ИПА структурата и други странски фондови

- Одделение за буџетска координација

- Одделение за буџетска контрола

- Одделение за сметководство и плаќања

- Одделение за јавни набавки

- Одделение за прекршочна постапка

- Одделение за следење и извршување на прекршоците

- Одделение за нормативно-правни работи

- Одделение за управни постапки

- Одделение за развој на човечки ресурси

- Одделение за кадрови работи и персонална евиденција

- Одделение за анализа на земјоделска политика Превземи извештај

- Одделение за единствен регистар на земјоделски стопанства

- Одделение за следење на пазари на земјоделско прехрамбени производи

- Одделение за сметководствени податоци од земјоделски стопанства

- Одделение - кабинет на министерот

- Одделение за односи со јавност

- Одделение за соработка со мултилатерални донатори

- Одделение за трговска политика

- Одделение за соработка со билателарни донатори

- Одделение за преговори и ЕУ интеграција

- Одделение за програмирање, реализација, следење и проценка на ИПА помошта

- Одделение за ЕУ база

- Одделение за лозарство и лозов катастар

- Одделение за винарство

- Одделение за овоштарство

- Одделение за поледелство

- Одделение за органско производство

- Одделение за градинарство

- Одделение за сточарство

- Одделение за рибарство и аквакултура 

- Одделение за стандарди и квалитет на земјоделски производи

- Одделение за маркетинг на земјоделски производи

- Одделение за економско здружување на земјоделски производители

- Одделение за уредување и користење на шумите

- Одделение за одгледување на шумите и пошумување

- Одделение за заштита на шумите од биотски и абиотски фактори

- Одделение за ловство, уредување на ловишта и давање дивеч на користење - концесија 

- Одделение за одржлив рурален развој

- Одделение за наука, истражување и советодавни услуги

- Одделение за политика на кредитирање во рурални средини и земјоделскиот сектор

- Одделение за поддршка на подрачја со ограничени можности за земјоделско производство

- Одделение за програмирање и проценка на ИПАРД фондовите

- Одделение за следење на спроведувањето на ИПАРД фондовите и известување

- Одделение за спроведување на техничка помош на ИПАРД фондови

- Одделение за општа информатичка инфраструктура и безбедност на информатичкиот систем

- Одделение за развој на информатички систем

- Одделенија во подрачните единици

- Оделение за организација, координација и анализа на подрачните единици

- Одделение за регистрирање на земјоделско земјиште

- Одделение за управување со земјоделско земјиште

- Одделение за унапредување на земјоделско земјиште

- Одделение за стручно административни работи

- Одделение за внатрешна контрола

- Одделенија во подрачните единици (шумско полициски станици)

- Одделение за консолидација на земјоделско земјиште

- Одделение за размена на земјоделско земјиште

- Одделение за идентификација на земјишни парцели - СИЗП

- Одделение за земјишна банка